焼酎を始めとする酒類のアルコールは、主に酵母菌の働きによって造り出されています。酵母菌は糖を分解することでエネルギーを得ており、この時副産物的に生成するものがエタノール(アルコール)です。酒造りにおいては、ワインのように原料自体が含む糖を酵母菌のエネルギー源とする場合もありますが、焼酎に用いる米やさつまいもには、ほとんど糖が含まれていません。そこで、麹菌に原料中のでんぷんを糖に分解させ、酵母菌のエネルギー源としています。また、酵母菌には清酒の吟醸香を始めとした、多くの香り成分を造り出す働きがあることがわかっています。鹿児島の芋焼酎造りにおいては、鹿児島２号、４号、５号と呼ばれる酵母菌が一般的に用いられており、それぞれに生み出す香りなどに特徴が見られます。近年の醸造技術の進歩とともに、花などから醸造に適した酵母菌を分離して造られた焼酎や清酒も多く見られるようになりました。今後も新たな酵母菌の発見によって、様々な酒質が生まれることが期待されます。